News
October 2019: Masih's work on benchmarking bacterial GWAS methods using simulated genomes and phenotypes is out in bioRxiv
July 2019: Coherence of Microcystis species revealed through population genomics by Olga et al. is out in ISME Journal
June 2019: Three new preprints:
-Nico on realized niche evolution in Synechococcus
-Naïma on diversification in microbiomes
- -Yves on H.influenzae HGT & epidemiology
Why Microbial Evolutionary Genomics?
Most of the genetic and metabolic diversity that exists on earth – and has existed for billions of years – is microbial. Arguably more impressive than the sheer quantity of microbial diversity is its dynamic nature: microbes are constantly evolving and adapting. Our ongoing research tracks evolving microbial populations in real time, using whole-genome and whole-community DNA sequencing to understand their evolution and predict how they adapt to changing environments. For example:
(1) freshwaters subject to seasonal cyanobacterial blooms,
(2) the human gut, focusing on cholera infections,
(3) the evolution of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis,
(4) semi-natural mesocosms at LEAP.
Pourquoi la Génomique Microbienne Évolutive ?
La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:
(1) les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
(2) l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
(3) l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis,
(4) des mesocosmes semi-naturels au LEAP.
(1) freshwaters subject to seasonal cyanobacterial blooms,
(2) the human gut, focusing on cholera infections,
(3) the evolution of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis,
(4) semi-natural mesocosms at LEAP.
Pourquoi la Génomique Microbienne Évolutive ?
La plupart de la diversité génétique et métabolique qui existe - et a existé depuis des milliards d'années - est de nature microbienne. Plus impressionnant que l'énorme quantité de diversité microbienne est sa nature dynamique: les microbes sont constamment en train d'évoluer et de s'adapter à leur environnement. Notre programme de recherche suit l'évolution des populations microbiennes en temps réel, en utilisant le séquençage de génomes (de souches individuelles) et de métagénomes (l'ADN de communautés entières) afin de comprendre leur évolution et prédire comment ils s'adaptent à des environnements changeants. Par exemple:
(1) les eaux douces qui subissent des proliférations saisonnières de cyanobactéries,
(2) l'intestin humain, en se concentrant sur les infections de choléra,
(3) l'évolution de l'antibiorésistance en Mycobacterium tuberculosis,
(4) des mesocosmes semi-naturels au LEAP.
We are here // Nous sommes ici :
Pavillon Marie-Victorin
90 Vincent d'Indy
Montreal, QC
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